Pilates dan Yoga memiliki metode pernapasan yang berbeda. Pilates adalah menghirup dan membuang napas melalui hidung, dan menghembuskan napas melalui mulut, sedangkan Yoga adalah menarik dan membuang napas melalui hidung. Kebanyakan orang bernapas melalui perut, bisa bernapas melalui dada, atau bernapas sepenuhnya.
Dan intensitas latihan keduanya juga berbeda. Intensitas latihan gerakan pilates akan semakin besar. Karena intensitas latihan gerakan Pilates lebih besar, maka proses latihannya memerlukan kekuatan fisik yang lebih besar. Namun yoga lebih banyak melatih kelenturan kita sehingga intensitasnya tidak terlalu besar, namun jika Anda termasuk teman yang baru memulai latihan yoga, Anda mungkin akan merasakan nyeri otot.
Efek yang didapat dari yoga dan Pilates juga berbeda. Yoga terutama mengubah fisiologi dan psikologi seseorang untuk mencapai keadaan keseimbangan. Pilates memberikan efek yang lebih baik pada bentuk tubuh dan dapat memperbaiki bentuk tubuh seseorang.